В следующие века происходило постепенное угасание Милана. В город вторгались одни захватчики за другими. Первым пришел вождь гуннов Аттила. Он разрушил Милан в 452 г. После крушения Западной Римской империи, четверть века спустя, Милан, как и остальная Италия, оказался отданным на откуп гуннам. В 476 г. королем провозгласил себя генерал армии Западной Римской империи Одоакр. Новой столицей Италии он сделал Павию. Но во время пира Одоакра убил его соперник, король остроготов Теодорих. Он и стал правителем региона на следующие сорок лет. В 536 г. в Италию вторглись армии Восточной Римской империи. Генерал Велизарий спас Милан от варваров. Но в 563 г. город окончательно сдался готам и был разрушен до основания.
Спустя всего пять лет регион захватило другое воинственное германское племя лангобардов (ломбардцев). Им покорились все крупные города, расположенные севернее реки По. Король лангобардов Альбойн разместил свой двор в Павии. Он был убит женой Розамундой (неудивительно, если вспомнить, что в свое время он заставил ее пить вино из черепа собственного отца!).
Постепенно ломбардцы забыли о своем варварстве и смешались с местным населением. Они приняли римский образ жизни и обычаи, вступали в смешанные браки и часто принимали христианство.
Ломбардия формально стала частью христианского мира, когда вошла в империю Каролингов под правлением Карла Великого. После этого в Милане наступил длительный период процветания, пик которого пришелся на конец IX — X в. Торговля процветала, повсюду строились великолепные церкви.
Легенда гласит, что вскоре после рождения Амвросия в 340 г. целый рой пчел опустился на лицо младенца, оставив каплю меда на его губах. Это предвещало выдающуюся ораторскую карьеру. С тех пор на изображениях святого часто можно увидеть пчел и ульи. Амвросий родился в германском Трире и воспитывался в Риме. Его судьба кардинально изменилась в 374 г., когда он из правителя Лигурии и Эмилии стал первым епископом Милана, несмотря на полное отсутствие теологической подготовки.
Все 20 лет епископства Амвросий ожесточенно боролся с арианством и другими ересями. Среди обращенных им в христианство был святой Августин, которого он крестил в 387 г. За время его епископства в Милане были построены четыре большие базилики, в том числе и Сант-Амброджо. Святой Амвросий считается покровителем Милана. Праздник в его честь отмечается 7 декабря. В этот день в театре «Ла Скала» торжественно открывается сезон, а возле базилики Сант-Амброджо два дня работает очень популярный рынок.